不过，对于标识这件事，因为目前世界并行着四种办法，这也引起了专家的广泛讨论。据科技日报报道，中国农业科学院生物技术研究所所长林敏说，“定性标识比定量标识严格，对检测技术要求很高。但其科学性有待商榷，会给监管和研发带来更多问题。”
“但在美国，不允许标有‘非转基因’等字样，认为这是对转基因食品的歧视。”林敏说。
中国工程院院士陈君石亦有同感：“我个人认为定性标识不是很科学的做法。比如转基因大豆所生产的油理论上不含转进来的基因，因为油是脂肪，但根据现有的检测手段，只要含一丁点（微克级）便能检测出来，所以按规定要进行标识。但如果用转基因玉米做零食，按照农业部采取的名单制，玉米做成玉米片就不需标识。实际上，目前绝大多数国家都采用定量标识，认为超过一定量才需标识，中国也应往这个方向努力。”
陈君石说，非转基因食品的宣传和标识，严格来说属于不正当的商业竞争，虽然中国没有法律规定，但美国食品和药物管理局就明文规定不能这么做，认为此种做法是暗示转基因是坏的、有害的行为，是不允许、不科学的。
此外，我们之前也报道过，日前举办的农业转基因主体沙龙上，标识成本高的问题也被屡次提到。加拿大的研究表明，转基因成分将提高加工食品零售价格至少9%~10%，以及生产商成本的35%~41%，而按照现在定性标识的原则，这最终都会转嫁到所有消费者身上。
因此，甚至有专家提出，那些不相信转基因是科学无害的人应当承担这一成本。
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